制备基因组 DNA 是进行基因结构和功能研究的重要步骤，通常要求得到的片段的长度不小于 100-200kb。在 DNA 提取过程中应尽量避免使 DNA 断裂和降解的各种因素，以保证 DNA 的完整性，为后续的实验打下基础。一 般真核细胞基因组 DNA 有 107-9bp，可以从新鲜组织、培养细胞或低温保存的组织细胞中提取，常是采用在 EDTA 以及 SDS 等试剂存在下用蛋白酶 K 消化细胞，随后用酚抽提而实现的。这一方法获得的 DNA 不仅经酶切后可用于 Southern 分析，还可用于 PCR 的模板、文库构建等实验。
根据材料来源不同，采取不同的材料处理方法，而后的 DNA 提取方法大体类似，但都应考虑以下两个原则：
（1）防止和抑制 DNase 对 DNA 的降解；
（2）尽量减少对溶液中 DNA 的机械剪切破坏。
一、试剂准备
1．TE: 10mM Tris-HCl (pH 7.8); 1mM EDTA (pH 8.0)。
2．TBS: 25mM Tris-HCl (pH 7.4); 200mM NaCl; 5mM KCl。
3．裂解缓冲液：250mM SDS; 使用前加入蛋白酶 K 至 100μg/ml。
4．20% SDS
5．2mg/ml 蛋白酶 K
6．Tris 饱和酚（pH 8.0）、酚/氯仿（酚∶氯仿=1∶1）、氯仿
7．无水乙醇、75%乙醇
二、操作步骤
（一）材料处理
1．新鲜或冰冻组织处理：
⑴ 取组织块 0.3-0.5cm3， 剪碎，加 TE 0.5ml，转移到匀浆器中匀浆。
⑵ 将匀浆液转移到 1.5ml 离心管中。
⑶ 加 20% SDS 25 μl，蛋白酶 K (2mg/ml) 25 μl，混匀。
⑷ 60°C 水浴 1-3hr。
2．培养细胞处理：
⑴ 将培养细胞悬浮后，用 TBS 洗涤一次。
⑵ 离心 4000g×5min，去除上清液。
⑶ 加 10 倍体积的裂解缓冲液。
⑷ 50-55°C 水浴 1-2hr。
（二）DNA 提取
1. 加等体积饱和酚至上述样品处理液中，温和、充分混匀 3min。
2. 离心 5000g×10min，取上层水相到另一 1.5ml 离心管中。
3. 加等体积饱和酚，混匀，离心 5000g×10min，取上层水相到另一管中。
4. 加等体积酚/氯仿，轻轻混匀，离心 5000g×10min，取上层水相到另一管中。如水相仍不澄清，可重复此 步骤数次。
5. 加等体积氯仿，轻轻混匀，离心 5000g×10min，取上层水相到另一管中。
6. 加 1/10 体积的 3M 醋酸钠（pH 5.2）和 2.5 倍体积的无水乙醇，轻轻倒置混匀。
7. 待絮状物出现后，离心 5000g×5min，弃上清液。
8. 沉淀用 75%乙醇洗涤，离心 5000g×3min ，弃上清液。
9. 室温下挥发乙醇，待沉淀将近透明后加 50-100μl TE 溶解过夜。
（三）DNA 定量和电泳检测
1.DNA 定量：
DNA 在 260nm 处有最大的吸收峰，蛋白质在 280nm 处有最大的吸收峰，盐和小分子则集中在 230nm 处。 因此，可以用 260nm 波长进行分光测定 DNA 浓度，OD 值为 1 相当于大约 50μg/ml 双链 DNA。如用 1cm 光径， 用 H2O 稀释 DNA 样品 n 倍并以 H2O 为空白对照，根据此时读出的 OD260 值即可计算出样品稀释前的浓度：DNA （mg/ml）=50×OD260 读数×稀释倍数/1000。
DNA 纯品的 OD260/OD280为 1.8，故根据 OD260/OD280的值可以估计 DNA 的纯度。若比值较高说明含有 RNA， 比值较低说明有残余蛋白质存在。OD230/OD260 的比值应在 0.4-0.5 之间，若比值较高说明有残余的盐存在。
2.电泳检测：
取 1μg 基因组 DNA 用行 0.8%琼脂糖凝胶上电泳，检测 DNA 的完整性，或多个样品的浓度是否相同。电泳结 束后在点样孔附近应有单一的高分子量条带。
三、注意事项
1.所有用品均需要高温高压，以灭活残余的 DNA 酶。
2.所有试剂均用高压灭菌双蒸水配制。
3.用大口滴管或吸头操作，以尽量减少打断 DNA 的可能性。
4. 用上述方法提取的 DNA 纯度可以满足一般实验（如 Southern 杂交、PCR 等）目的。
